1 โรครากเน่า โคนเน่า เป็นโรคที่เกิดจากเชื้อรา ในดิน ซึ่งมีราก่อโรคอย่างน้อย 4 ชนิด ที่ก่อโรครากเน่าโคนเน่า อาการใบมะนาว จะเหลือง และทยอยร่วงเรื่อยๆ จนมะนาวตายในทีสุด สาเหตุหลักเกิดจากเชื้อราก่อโรค ความชื้น และ ความเป็นกรดของดินที่มีมากไป ทางป้องกันรักษา คือ ใช้ เชื้อราไตรโคเดอร์ม่า จุ่มรากมะนาวก่อนปลูกลงดิน หรือ เติม เชื้อ Killer B ที่หมักแล้ว รอบทรงพุ่มมะนะาวปีละสองครั้ง
2 น้ำท่วมขัง จะทำให้ รากมะนาว ขาดอากาศ หรือ อ็อกซิเจน และจะตายในที่สุดหากมีน้ำท่วมหลายวัน การป้องกันคือเลือกทำเลสวนมะนาวที่ไม่มีน้ำท่วม และ ยกร่องลูกฟูกมะนาวสูงสัก 60 เซนติเมตร จะช่วยป้องกันน้ำท่วมได้นอกจากนี้ การสูบน้ำออกจากสวนมะนาวดูจะเป็นทางเลือกในการแก้ปัญหาที่ได้ผลดีมากๆ
3 โรคแคงเกอร์ โรคนี้ จะโจมตีทำลายใบ กิ่งมะนาวให้เสียหาย มีจุดเหลือง โรคแคงเกอร์เกิดจากแบคทีเรีย นอกจากนี้ แคงเกอร์ ยัง เข้าทำลายกิ่ง และ ลำต้นมะนาว มะนาวที่ ถูกแคงเกอร์ รุมเร้า มะนาว
จะไม่ยอมโต หรือ โตช้า หรือ หากโรคแคงเกอร์ รุนแรง ต้นมะนาวจะตายได้
4 ขาดน้ำรุนแรง เมื่อเราอดน้ำมะนาว หรือ ปล่อยให้มะนาวขาดน้ำนานๆ มะนาวจะเหี่ยวถาวร และ ยืนต้นตายในที่สุด
5 ปลวก หรือ ด้วง เจาะลำต้น จะทำให้ ลำต้น ขาดน้ำ และ อาหาร ใบจะเหี่ยวและ ตายในที่สุด
6 ให้ปุ๋ยมากเกินไป ใบไหม้ ให้ ระวัง โดยเฉพาะยูเรีย จะมีพิษได้หาก ให้มากเกินไป
7 ถูกสารกำจัดวัชพืช เช่น ไกลโคเสท หาให้แบบเข้มข้น หากถูก ต้นมะนาวมากๆ มะนาวจะยืนต้นตาย
