มะนาวที่ไม่มีรากแก้ว สามารถเกิดโรค รากเน่าโคนเน่าได้ง่ายมาก ซึ่งเป็นเชื้อโรคที่ทำลายระบบรากที่หาอาหารดูดกินและลำเลียงไปเลี้ยงยังส่วนต่างๆของมะนาวให้ได้รับสารอาหารอย่างครบถ้วน ถ้ามีส่วนหนึ่งส่วนใดของรากที่เสียหายจากการทำลายของเชื้อราชนิดนี้ กิ่งก้านใบในแถบทรงพุ่มที่ถูกทำลายก็อาจจะมีอาการแห้งเหี่ยวเหลืองซีดได้ด้วยเช่นกัน บางท่านอาจจะงุนงงสงสัยได้ว่าอาจจะเป็นเรื่องของเพลี้ยไฟไรแดงเข้าทำลาย ก็มีส่วนที่เป็นไปได้ถ้าไม่สังเกตุให้ดีอย่างละเอียดถี่ถ้วน ด้วยการขุดสำรวจที่โคนต้นบริเวณด้านที่พบอาการเหลือง ก็อาจจะดูแลแก้ไขแบบผิดวิธีได้ด้วยเช่นกัน
โรครากเน่าโคนเน่านอกจากจะเป็นศัตรูกับมะนาวแล้วยังเป็นศัตรูอันดับต้นๆของทุเรียนด้วยเช่นกัน มีความรุนแรงทำให้ราก ลำต้น กิ่งก้านใบของทุเรียนล้มตายยกสวนจนเจ้าของสวนแถบภาคตะวันออกถอดใจไปก็มากต่อมาก ในอดีตสวนส้มแถบรังสิตซึ่งเป็นญาติในตระกูลเดียวกับมะนาวที่มีการลอกเลนในร่องสวนขึ้นมากลบทับที่โคนต้นทำให้บางครั้งรากขาดอากาศอ่อนแอและง่ายต่อการเข้าทำลายของเชื้อโรคจากการเปียกแฉะชื้นฉ่ำของขี้เลนทำให้สวนส้มล้มตายทรุดโทรมลงอย่างรวดเร็วเช่นกัน เพราะเชื้อราฟัยท็อพทอรานั้นสามารถที่จะแพร่ระบาดได้อย่างรวดเร็วในระยะเวลาเพียงสองสามสัปดาห์ ถ้าไม่มีการป้องกันกำจัดอย่างถูกต้องตรงกับโรค
ต้นมะนาวที่อยู่ในภาวะหน้าฝนหรือท้องร่องเปียกแฉะก็อาจจะมีความซุ่มเสี่ยงต่อการเกิดโรครากเน่าโคนเน่าและจะแสดงอาการที่ใบเริ่มมีสีเหลืองซีดจางได้ โดยที่ไม่ใช่เป็นโรคกรีนนิ่งหรือทริตเตซ่าถ้าแก้ไขโดยการฉีดพ่นซิงค์หรือสังกะสีก็อาจจะผิดพลาดไม่ทันการณ์ ฉะนั้นควรป้องกันรักษาโดยหาจุลินทรีย์ที่เป็นปฏิปักษ์ต่อเช้ือราโรคพืชโดยเฉพาะโรครากเน่าโคนเน่ามาเฝ้ารักษาป้องกันให้อยู่อาศัยที่โคนต้นหรือรากของมะนาวอย่างสม่ำเสมอ เพราะหลักการทำงานของจุลินทรีย์คือพวกมากกว่าชนะพวกที่น้อยกว่า ฉะนั้นถ้าดำรงรักษาเผ่าพันธุ์ของกลุ่มจุลินทรีย์ดีอย่างไตรโคเดอร์ม่า (Tricoderma sp.) ซึ่งเป็นจุลินทรีย์ที่เป็นปฏิปักษ์หรือเป็นศัตรูของเชื้อราโรคพืชที่ดีเยี่ยม
การป้องกันโรครากเน่าโคนเน่า
1 พยายาม ยกร่องสูง ไม่ให้น้ำขังในต้นมะนาว
2 รดน้ำมะนาว แต่พอดี อย่าให้มาก จนน้ำขัง
3 ปรับสภาพดินให้ pH 6-7 กำลังดี
4 ใช้เชื้อราไตร์โครเดอร์ม่า หรือ แบคทีเรีย บาซิลลัส ซับทิลิส
